Функциите на Управляващ орган на Стратегическия план ще се изпълняват от четири дирекции в Министерство на земеделието - дирекция „Директни плащания“, дирекция „Развитие на селските райони“, дирекция „Пазарни мерки и организация на производителите“ и дирекция „Животновъдство“. Също така са определени дирекциите, които ще подпомагат Управляващия орган при изпълнението на неговите функции, като това са дирекции „Биологично производство“, „Растениевъдство“, „Държавни помощи и регулации“ и „Идентификация на земеделските парцели“.